Langfristig kann Mukoviszidose das Auftreten weiterer Erkrankungen bewirken. Häufig entwickeln sich Nasenpolypen, Funktionsstörungen der Leber, der Galle, der Bauchspeicheldrüse (z.B. Diabetes mellitus) oder eine Rechtsherzbelastung. Auch hier sind Zusammensetzung und Ausprägung der Krankheitssymptome von Patient zu Patient unterschiedlich.